En las afueras de Dhaka, los manifestantes también atacaron la oficina del periódico en la ciudad de Rajshahi y marcharon por las calles de la ciudad portuaria de Chittagong.
Esto sigue a las protestas de principios de este mes que tuvieron como objetivo el Daily Star en inglés de Dhaka.
El manifestante Alif Bin Labib Shuvo, de 20 años, estudiante herido durante las protestas contra Hasina en julio, alegó que tanto Prothom Alo como el Daily Star buscan «desestabilizar» Bangladesh.
«Si no cambian su estrategia actual, deberían cerrarlos», dijo Mir Farhad, de 35 años, otro manifestante.
El líder interino Muhammad Yunus ha insistido repetidamente en que quiere libertad de prensa.
Los organismos de control de la prensa dicen que docenas de periodistas, considerados por los críticos como partidarios de Hasina cuando estaba en el poder, enfrentan investigaciones policiales en aparente represalia por su trabajo anterior.
Al menos cuatro están detenidos, acusados de incitar a la matanza de manifestantes en los días previos a la caída de Hasina.
Reporteros sin Fronteras afirma que unos 140 periodistas se enfrentan a investigaciones policiales por actos de violencia, calificándolos de «acoso judicial sistemático».
El Comité para la Protección de los Periodistas, con sede en Estados Unidos, instó este mes a realizar reformas para garantizar la libertad de prensa en «este momento crítico de la historia del país».