La cuestión de la delimitación marítima se relaciona con reclamaciones portuarias superpuestas, que ambos países acordaron en 2019 suspender y volver a los límites anteriores.
La suspensión se produjo tras una disputa provocada por la extensión unilateral por parte de Malasia de los límites del puerto de Johor Bahru frente a Tanjung Piai, que se superponía con los límites del puerto de Singapur frente a Tuas.
Singapur protestó por la extensión de Malasia en octubre de 2018, diciendo que dio como resultado que buques del gobierno malasio realizaran repetidas incursiones en aguas de Singapur, y que la República luego extendiera sus propios límites portuarios en respuesta, que todavía estaban en sus aguas territoriales.
Ambas partes acordaron en 2019 no autorizar y suspender todas las actividades comerciales en la zona, y no fondear allí ningún buque gubernamental.
Se creó un comité para estudiar las cuestiones jurídicas y operativas relacionadas con la disputa marítima y proporcionar una base para las negociaciones.
En cuanto al espacio aéreo, Malasia ha dicho que está lista para gestionar su espacio aéreo sobre el sur de Johor después de delegar la tarea a Singapur hace 45 años.
En 2018, Malasia se opuso a los nuevos procedimientos de vuelo propuestos para el aeropuerto Seletar de Singapur y su ministro de Transporte, Anthony Loke, dijo que Malasia había informado a Singapur que quería recuperar el espacio aéreo en fases.
El Ministerio de Transporte de Singapur (MOT) respondió diciendo que la República respeta la soberanía de Malasia y que la gestión del espacio aéreo transfronterizo «no es incompatible con la soberanía».
En el décimo retiro de líderes de Singapur y Malasia celebrado en Singapur en octubre de 2023, Anwar y el entonces primer ministro de Singapur, Lee, acordaron revisar los acuerdos de delegación para la prestación de servicios de tráfico aéreo sobre el sur de Malasia peninsular, que fueron recomendados y aprobados por el Organización de Aviación Civil Internacional en 1973.
El martes, Anwar dijo que sus conversaciones con Wong reconocieron las necesidades de Malasia en términos de su conectividad con Sabah y Sarawak. Al mismo tiempo, reconocieron los requisitos de Singapur para garantizar que el desempeño y las actividades en el aeropuerto de Changi no se vean afectados y se faciliten.
Mientras tanto, el agua ha sido una fuente constante de disputas políticas entre Singapur y Malasia a lo largo de los años, especialmente cuando el primer ministro de Malasia, el Dr. Mahathir Mohamad, estuvo en el cargo.
Sin embargo, más recientemente, un viceministro de Malasia dijo que el país, así como su estado sureño de Johor, no renegociarían todavía las tarifas del agua cruda con Singapur.
“Tras las conversaciones celebradas en octubre de 2024 con el ministro principal de Johor (Onn Hafiz Ghazi) y el ministerio, se decidió que no es necesario negociar la revisión de las tarifas del agua cruda en este momento”, afirmó Akmal, ministro adjunto de Transición Energética y Transformación del Agua de Malasia. Nasrullah Mohd Nasir dijo al parlamento el 2 de diciembre.
El Acuerdo sobre el Agua del Río Johor de 1962 faculta a Singapur a extraer hasta 250 millones de galones por día (mgd) de agua del río Johor.
Singapur paga 3 sen malasios por cada mil galones de agua cruda y vende agua tratada a Johor a 50 sen por cada mil galones, una fracción del costo de tratar el agua.
Si bien Johor tiene derecho a un suministro diario de hasta 5 mgd de agua tratada, lo que representa el 2 por ciento del agua suministrada a Singapur, Singapur ha estado suministrando 16 mgd de agua tratada a Johor a petición suya.